velvet是由EMBL-EBI開發(fā)的一款基因組組裝工具，官網(wǎng)如下

https://www./~zerbino/velvet/

安裝過程如下

默認情況下，velvet支持的kmer最大長度為31bp, 如果想要只會更大長度的kmer,在編譯時需要設(shè)置MAXKMERLENGTH的值。編譯完成后，會生成如下兩個可執(zhí)行文件

1. velveth

2. velvetg

軟件的運行過程對應(yīng)的也分成兩步

1. velveth

用法如下

第一個參數(shù)Assem, 代表輸出結(jié)果的目錄；shortPaired指定測序類型，fasta指定輸入的序列格式。

對于二代測序平臺的數(shù)據(jù)，常用的測序類型包括以下兩種情況

1. short

2. shortPaired

short用于單獨數(shù)據(jù)，shortPaired用于雙端數(shù)據(jù)。輸入的序列文件支持以下格式：

1. fasta/fasta.gz

2. fastq/fastq.gz

3. sam/bam

通過不同的參數(shù)指定輸入文件的格式，-fasta對應(yīng)fasta格式；-fastq對應(yīng)fastq格式，-fastq.gz對應(yīng)fastq.gz格式，-fasta.gz對應(yīng)fasta.gz格式，-sam對應(yīng)sam格式，-bam對應(yīng)bam格式。

對于雙端數(shù)據(jù)，有以下兩種格式

1. interleaved

2. separate

R1和R2端序列保存在兩個文件中，就是separate格式；interleaved是雙端序列的一種格式，R1端和R2端的序列保存在一個文件當(dāng)中，每一條序列的R1端之后緊跟著就是R2端序列；對于雙端測序，默認是interleaved格式，如果是separate格式，要顯示的聲明。

還需要注意的一個用法就是kmer長度，在實際分析時，通常會采用一系列的kmer長度分別組裝，然后挑選一個最佳的結(jié)果。velvet 的kmer參數(shù)可以設(shè)置為一個梯度，示例如下

上述用法中的31,37,2表示從kmer=31開始組裝，然后進行遞增，步長為2，依次進行33, 35， 37共4個kmer長度的組裝。這樣的參數(shù)設(shè)計非常的貼合實際需求。

運行結(jié)束后，會在輸出目錄生成以下文件

1. Sequences

2. Roadmaps

2. velvetg

基本用法如下

第一個參數(shù)為上一步的輸出目錄，min_contig_lgth代表contig的最小長度，小于該長度的contig會被刪除，不會出現(xiàn)在最終的結(jié)果中。更多的參數(shù)和用法請參考官方手冊。

運行結(jié)束后，輸出目錄下的contigs.fa就是最終的組裝結(jié)果。