歡迎來(lái)到醫(yī)科研,這里是白介素2的讀書(shū)筆記,跟我一起聊臨床與科研的故事, 生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)挖掘,R語(yǔ)言,TCGA、GEO,SEER數(shù)據(jù)挖掘。 .SEER數(shù)據(jù)分析SEER計(jì)劃由18個(gè)地區(qū)癌癥登記機(jī)構(gòu)組成的聯(lián)盟,這些登記機(jī)構(gòu)進(jìn)行了嚴(yán)格而一致的數(shù)據(jù)收集和標(biāo)準(zhǔn)制定。SEER計(jì)劃在其18個(gè)定義明確的區(qū)域提供了所有癌癥和特定地點(diǎn)癌癥隨時(shí)間的年度頻率分布,發(fā)病率,患病率和死亡率數(shù)據(jù)。SEER癌癥發(fā)病率是按年齡標(biāo)準(zhǔn)化的,可將處于危險(xiǎn)之中的人群或其中的人群的年齡分布調(diào)整為標(biāo)準(zhǔn)人群。
Cancer-specific survival 是診斷后指定時(shí)間間隔內(nèi)存活的癌癥個(gè)體的百分比。當(dāng)死亡率分子(死者或病例數(shù))完整但分母(高危人群)不完整時(shí),通常在病理病例系列中考慮生存數(shù)據(jù)。即,當(dāng)記錄了整個(gè)人群中罹患癌癥風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體數(shù)量時(shí),死亡率數(shù)據(jù)通常僅在基于人群的數(shù)據(jù)集(例如SEER)中可用。 SEER還按階段生成針對(duì)特定部位的原位癌和浸潤(rùn)性癌的特定年齡發(fā)病率,從而(通常)告知各種疾病狀態(tài)之間的平均時(shí)間。例如,在就宮頸癌和浸潤(rùn)性宮頸鱗狀細(xì)胞癌和浸潤(rùn)性腺癌的診斷中,平均年齡的巨大差異支持了篩查和干預(yù)以預(yù)防這些癌癥的價(jià)值,并為考慮臨床指南提供了價(jià)值。隨著SEER計(jì)劃包括有關(guān)癌癥病例更復(fù)雜特征的越來(lái)越完善的信息,包括生物標(biāo)志物和分子譜等信息,這些數(shù)據(jù)將越來(lái)越多地能夠計(jì)算精確率和趨勢(shì)-朝著“精確監(jiān)視”邁進(jìn)。 . 基于SEER數(shù)據(jù)庫(kù)的研究SEER數(shù)據(jù)資源已被全球研究人員廣泛分析,并提供有關(guān)美國(guó)癌癥和腫瘤學(xué)實(shí)踐的重要見(jiàn)解。下面看下 Pubmed的文章引用情況。 1973年到2015年,PubMed(www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed)搜索中的40,031次引用使用關(guān)鍵詞“監(jiān)視”,“流行病學(xué)”和“最終結(jié)果”確認(rèn),例證并突出了該SEER的研究效率。這些基于SEER數(shù)據(jù)的研究通常是觀察性的,研究癌癥在人群和群體中的分布以及人口統(tǒng)計(jì)學(xué),臨床病理學(xué)和治療變量如何影響癌癥負(fù)擔(dān)。一些研究將SEER數(shù)據(jù)集與其他注釋更為豐富的數(shù)據(jù)集聯(lián)系起來(lái)。然后可以對(duì)這些綜合數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析,以識(shí)別可能的風(fēng)險(xiǎn)因素,從而通過(guò)實(shí)驗(yàn)研究設(shè)計(jì)來(lái)驗(yàn)證假設(shè)。 . 基于SEER數(shù)據(jù)發(fā)表文章的觀點(diǎn) |
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