|
詳情請(qǐng)聯(lián)系作者：
2022也過(guò)去半年了，也寫了很多內(nèi)容，對(duì)大多數(shù)人還是有所幫助的。近期、鑒于很多小伙伴找我問(wèn)某些分析或者作圖的代碼，其實(shí)之前的帖子我們寫過(guò)，但是可能太久了，找起來(lái)比較費(fèi)時(shí)間，所以這里我將2022的帖子做個(gè)總結(jié)，放在公眾號(hào)菜單欄，后續(xù)也會(huì)更新，方便大家查找。
一、單細(xì)胞系列 1.從Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(一):開(kāi)端?。。?/span>
2.跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(二):單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文件的讀入及Seurat對(duì)象構(gòu)建
3.跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(三):單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)質(zhì)控（QC）及合并去除批次效應(yīng)
4.跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(四):單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序UMAP降維聚類
5.跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(五):單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組marker基因鑒定及細(xì)胞群注釋
6.單細(xì)胞基因可視化之小提琴圖
7.單細(xì)胞基因個(gè)性化作圖之氣泡圖
8.單細(xì)胞基因可視化之熱圖改造修飾1
9.單細(xì)胞基因可視化之熱圖的根本改造2
10.單細(xì)胞基因可視化之UMAP圖修飾
11.跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(六):細(xì)胞比例計(jì)算及可視化
12.跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(七):細(xì)胞亞群分析及細(xì)胞互作
13.跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(八):單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異基因分析及多組結(jié)果可視化
14.跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(九):Monocle2擬時(shí)分析演示（上）
15.跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(十):Monocle2擬時(shí)分析演示之結(jié)果可視化（下）
16.跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(十一):單細(xì)胞基因評(píng)分|AUCell評(píng)分
17.跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(十二):轉(zhuǎn)錄組因子分析
18.跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(十三):單細(xì)胞GSVA分析|這個(gè)包涵蓋大多數(shù)物種
19.單細(xì)胞marker基因可視化的補(bǔ)充---密度圖與等高線圖
20.ggplot做對(duì)角線火山圖---與單細(xì)胞差異基因可視化更配哦
21.復(fù)現(xiàn)Nature medicine圖表---堆疊柱狀圖顯示每個(gè)樣本上下調(diào)差異基因
22.單細(xì)胞UMAP降維圖的修飾（一些偏僻問(wèn)題）
23.熱圖展示單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組基因在不同組中表達(dá)陽(yáng)性細(xì)胞差異
24.跟著Cell學(xué)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析(十四):細(xì)胞比例柱狀圖---連線堆疊柱狀圖
25.復(fù)現(xiàn)《Cell》文章圖表：氣泡熱圖展示基因表達(dá)+分組添加
26.單細(xì)胞番外---單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析及可視化集成R包Scillus（上）
27.單細(xì)胞番外---單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析R包Scillus之marker基因可視化（中）
28.單細(xì)胞番外---單細(xì)胞R包Scillus之差異基因GSEA分析（下） 二、轉(zhuǎn)錄組系列 1、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(一)：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序文件與一般基礎(chǔ)概念解讀 2、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(二): 公共數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)挖掘 3、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(三)：PCA分析及CNS級(jí)別作圖 4、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(四):UMAP分析及可視化 5、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(五):TSNE降維分析及個(gè)性化作圖 6、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(六):limma包分析轉(zhuǎn)錄組芯片數(shù)據(jù) 7、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(七)：DESeq2分析轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù) 8、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(八)：edgeR分析轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)及差異基因篩選 9、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(九)：FPKM值基因表達(dá)量的計(jì)算、基因ID轉(zhuǎn)gene symbol的例子 10、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十): NCS級(jí)別的火山圖，總有一款適合你！ 11、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十一): R語(yǔ)言繪制不一樣的韋恩圖 12、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十二): Cell文章最喜歡用的差異基因GO、KEGG富集分析工具 13、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十三): GO、KEGG富集個(gè)性化作圖 三、熱圖 1、畫熱圖只標(biāo)注感興趣的基因名稱
2、熱圖2：分組聚類，讓熱圖分裂 3、熱圖3：熱圖行列分組信息注釋
4、熱圖4：ComplexHeatmap畫復(fù)雜熱圖行列注釋
5、熱圖5：ggplot2畫熱圖及個(gè)性化修飾 6、熱圖6：系列終章之“奇形怪狀”的熱圖 7、熱圖7：ggplot2/ComplexHeatmap做離散型熱圖
8、ggheatmap:一個(gè)可以替代ggplot做熱圖的R包 9、學(xué)習(xí)Nature cell biology圖標(biāo)：離散熱圖+氣泡圖表示通路富集結(jié)果 四、復(fù)現(xiàn)高分文章圖表
1、復(fù)現(xiàn)《nature communications》圖表：ggplot添加圖片/示意圖元素
2、復(fù)現(xiàn)NC圖表：ggplot做雙曲線閾值火山圖 3、復(fù)現(xiàn)《nature communications》散點(diǎn)小提琴圖+蜜蜂圖 4、復(fù)現(xiàn)Cell圖表：雙側(cè)柱狀圖展示上下調(diào)GO富集結(jié)果 5、復(fù)現(xiàn)《Cell》圖表：ggplot做回歸、折線圖并添加置信區(qū)間 6、復(fù)現(xiàn)《Cell》圖表：多形狀氣泡圖 7、復(fù)現(xiàn)《Cell》圖表：雙側(cè)柱狀圖及坐標(biāo)軸設(shè)置|ComplexHeatmap圖例設(shè)置 8、復(fù)現(xiàn)《Cell》圖表：柱狀圖|添加分組注釋|legend設(shè)置 9、復(fù)現(xiàn)NC圖表：相關(guān)性分析氣泡圖（熱圖）---同時(shí)展示正負(fù)調(diào)控關(guān)系和顯著性 10、復(fù)現(xiàn)NC圖表：ggplot氣泡圖展示基因表達(dá)量|多種組合圖展示分組 11、復(fù)現(xiàn)Nature子刊圖表：氣泡圖展示相互關(guān)系| 12、復(fù)現(xiàn)20分高分文章圖表：趨勢(shì)變化氣泡圖 13、復(fù)現(xiàn)《Cell》文章圖表：氣泡熱圖展示基因表達(dá)+分組添加 14、復(fù)現(xiàn)《Nature communications》圖表：ggplot展示多組基因富集結(jié)果+顯著性區(qū)分 15、復(fù)現(xiàn)20分文章的圖形分析---學(xué)習(xí)兩組差異基因可視化八象限圖 16、復(fù)現(xiàn)Nature medicine圖表---堆疊柱狀圖顯示每個(gè)樣本上下調(diào)差異基因
五、高顏值作圖系列
1、ggplot做分組配對(duì)連線圖
2、一文解決R語(yǔ)言GSEA分析及可視化 3、ggplot分組散點(diǎn)圖-坐標(biāo)軸截?cái)?添加四分位圖-顯著性檢驗(yàn) 4、R語(yǔ)言ggplot批量做折線圖并添加誤差線（for 循環(huán)） 5、柱狀圖|GO、KEGG|標(biāo)簽與柱狀圖顏色對(duì)應(yīng) 6、新方法---大型網(wǎng)絡(luò)圖繪制---ggraph包 7、graph包：圓狀網(wǎng)絡(luò)圖的繪制|互作網(wǎng)絡(luò)圖|基因通路網(wǎng)絡(luò)圖 8、和火山圖杠上了---復(fù)現(xiàn)SCI文章火山圖 9、ggplot做對(duì)角線火山圖---與單細(xì)胞差異基因可視化更配哦 10、ggplot做火山圖---添加任意基因標(biāo)簽|||突出顯示標(biāo)記基因 11、R語(yǔ)言繪制好看的餅圖、空心餅圖 12、讓火山圖躺下來(lái)：傾斜45°的火山圖 13、R語(yǔ)言繪制不一樣的韋恩圖 14、ggplot2繪制多彩火山圖 15、R語(yǔ)言一鍵畫帶有散點(diǎn)的箱線圖并添加顯著性 16、ggplot2畫帶Bar值的折線圖 17、絕美！差異基因火山圖大全！ 18、轉(zhuǎn)錄組不求人系列(十): NCS級(jí)別的火山圖，總有一款適合你！
|
